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空间全转录组

传统空间转录组主要覆盖约 2 万条编码基因(mRNA),回答"谁在表达、在哪里表达"。开泰生物的空间全转录组则在保留细胞原始空间位置信息的前提下,把组织里的所有 RNA 类型一次性原位捕获——mRNA 当然在,lncRNA、miRNA、tRNA、snRNA、rRNA 与各类 RNA 变体也都在。位置信息不丢,调控层还更全。

空间转录组 vs 空间全转录组

对比项传统空间转录组空间全转录组(开泰)
检测范围约 2 万编码基因(mRNA)全 RNA 物种:mRNA + lncRNA + miRNA + tRNA + snRNA + miscRNA + rRNA + RNA variants
能回答的问题谁在表达、在哪表达编码与非编码 RNA 在同一坐标如何共表达、如何调控
lncRNA / miRNA 信息基本缺失完整保留,可直接定位
分辨率近单细胞近单细胞
样本兼容FF / FFPEFF / FFPE / OCT 包埋均兼容

开泰空间全转录组的技术优势

  • 全转录组覆盖:约 20,000 个基因,并支持 mRNA / lncRNA / miRNA / tRNA / snRNA / miscRNA / rRNA / RNA variants 等多种 RNA 空间表达谱;

  • 原位捕获:在组织切片上直接完成多组学分子的原位编码与捕获,无需信号扩散,数据利用率与捕获效率显著提升(基因捕获效率提升 +50~200%);

  • 近单细胞分辨率:同张切片可再进行 HE 染色或核染色对照;

  • 广泛样本兼容:新鲜冷冻(FF)/ 福尔马林或多聚甲醛固定石蜡包埋(FFPE)/ OCT 包埋样本;

  • 可自由组合:同一坐标体系下还能与空间表观(ATAC / CUT&Tag)、空间蛋白(CITE)自由叠加,构建多维分子图谱。

常见问题:空间转录组能测 lncRNA 吗?

能,而且建议一起测。做发育、疾病机制、ceRNA 调控网络时,lncRNA 常常是关键调控节点,但它不编码蛋白、丰度低,很容易被只测 mRNA 的传统方案漏掉。只测 mRNA,等于只看了调控网络的上半截;把 lncRNA 的位置信息拿回来,才能把"因→果"在空间维度上接完整。

应用方向

  • 肿瘤微环境:免疫浸润、耐药生态位的空间解析;

  • 发育生物学:谱系、分化轨迹的空间基因图谱;

  • 感染与微生物:宿主—微生物互作;

  • 药效评价:治疗响应热点、作用通路的空间定位。

样本要求与服务流程

从样本评估到报告解读,开泰提供闭环式交付:样本评估 → 组织切片 → RNA 质检 / HE → 多组学原位捕获(空间条形码编码)→ 建库测序 → 整合分析(空间定位)→ 报告交付。样本须为非传染性;运输依样本类型选择干冰 / 液氮 / 冰袋。

交付物

每个项目均提供结构化、可追溯的标准报告包:空间组学样本信息单、RNA 质检报告、空间编码裂解报告、空间 HE 染色报告、测序质量报告、空间转录组质检报告、ROI 区域确定、样本分析报告。

为什么选择开泰

端到端一站式(样本—实验—测序—解读全闭环)、组合式灵活(6 大空间组学自由组合)、高分辨高通量(近单细胞、全转录组约 2 万基因、多种 RNA 空间表达谱)、广泛样本兼容、深度分析菜单(含多组学联合与公共数据库整合)、专业全程支持。


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