空间转录组平台怎么选？五大平台全方位对比（2026）

空间转录组（Spatial Transcriptomics）能在保留组织原位空间信息的同时对基因表达进行测序，已成为继单细胞测序之后的又一个热门技术手段，在系统发育、疾病发生发展、肿瘤精准诊断、病原感染等领域应用广泛。但面对市面上众多平台，研究者最常问的就是：我的样本该选哪个平台？本文基于开泰生物实际可提供的多平台服务，给出一份可落地的选型指南。

一、主流空间转录组技术原理

目前空间转录组解决方案主要包括三类技术路线，原理不同导致在空间分辨率、检测效率、个性化研究与成本上各有取舍：

• 基于捕获 + NGS：空间阵列探针原位捕获 mRNA，再走高通量测序（如 10x Visium、华大 Stereo-seq / Sequoia、百创 S3000、生捷 HD）。优点是全转录组、可获较长读长；缺点是原位捕获效率低于单细胞（DBIT-seq 除外），无单细胞分辨率，批间差异较大。

• 基于序列原位杂交：编码探针杂交 + 多轮超分辨成像 + 解码纠错（如 MERFISH、seqFISH+）。优点是亚细胞分辨率、灵敏度高；缺点是靶向检测、成本高、对成像设备要求高、无法检测 SNP。

• 基于原位测序：锁式探针靶向 RNA + 原位 RCA + 原位测序（如 ISS、FISSEQ、STARmap、EXseq、鲲羽 MiP-seq）。优点是亚细胞分辨率、可检测突变、靶向/全转录组双模式；缺点是读长偏短、全转录组模式效率偏低。

二、五大平台横向对比

三、补充：RNA 原位检测（鲲羽 π-FISH Rainbow / MiP-seq）

若研究需要单细胞精度、单碱基精度、mRNA 与蛋白多分子共检（如同时看 1–200 个基因、检测点突变/剪切变体），可叠加鲲羽 π-FISH Rainbow RNA 原位检测（开泰生物代理鲲羽生物试剂盒，提供 RNA FISH / 多重荧光原位杂交与 DNA FISH），或与多维空间组学方案组合，实现"捕获+原位"双维度解析。

四、怎么选：决策清单

按样本类型

• 临床 FFPE 蜡块 / 病理切片：优先考虑 10x Visium HD、生捷 HD（明确兼容 FFPE）、Stereo-seq FFPE。

• 新鲜冰冻动物/植物组织：Stereo-seq、Sequoia HD、百创 S3000、Visium 均可；追求大视野高分辨率选 Stereo-seq。

• 单细胞/单碱基精度 + 多分子共检：叠加 π-FISH Rainbow / MiP-seq 原位方案。

按科研目标

• 画全转录组空间图谱、看整体表达格局：任一捕获路线（10x / Stereo-seq / Sequoia / 百创 / 生捷）。

• 亚细胞定位、精细结构（如神经元、肿瘤微环境）：Visium HD、生捷 HD、π-FISH。

• 大组织/器官尺度 + 高分辨率：华大 Stereo-seq（纳米级 + 大视野）。

• 检测突变/剪切变体、mRNA+蛋白共检：π-FISH Rainbow 原位测序路线。

按预算与周期

• 性价比优先、标准化交付：百创 S3000、Visium。

• 国产替代、复杂组织适配：华大 Stereo-seq / Sequoia（开泰生物为华大智造 DNBelab C 认证服务商）。

五、开泰生物的空间组学服务

开泰生物提供多平台空间转录组服务（单细胞/空间组学服务），覆盖 10x Visium / Visium HD、华大 Stereo-seq / Sequoia、百创 S3000、生捷 HD，并代理鲲羽 π-FISH Rainbow / MiP-seq 原位检测。所有项目均提供免费解离测试并出具中英文双报告，且标准单细胞/空间项目配套价值 2–5 万元的免费高级分析（差异基因、GO/KEGG 富集、拟时序、细胞通讯等）。

六、常见问题

• Q：空间转录组和单细胞测序有什么区别？ 单细胞测序丢失了空间位置信息；空间转录组保留细胞在组织中的原位坐标，适合研究组织区域异质性、细胞互作微环境。

• Q：FFPE 样本能做空间转录组吗？ 可以。10x Visium HD、生捷 HD、Stereo-seq FFPE 均支持 FFPE，是中大队列临床研究的常用选择。

• Q：分辨率越高越好吗？ 不一定。高分辨率数据量更大、分析更重；应结合样本尺度、目标基因数和预算综合判断。

七、下一步

不确定选哪个平台？开泰生物技术团队可提供免费方案咨询与解离测试。请致电 400-178-8899 或邮件 [email protected]，说明样本类型、保存方式与研究目标，我们给出定制化平台建议。